UFO: Afterlight este un amestec între acţiunea bazată pe tactica de echipă şi strategia globală cu controlarea acţiunilor trupelor de elită de către jucător, şi  continuarea şi construirea unei reţele complexe de baze aflate în legătură în timpul colectării resurselor.

UFO: Afterlight ne duce pe Marte, unde o colonie umană a fost construită cu ajutorul Reticulanilor cu puţin timp înainte ca evenimentele UFO: Aftershock să aibă loc. Baza marţiană se auto-susţine şi furnizează toate necesităţile supravieţuirii oamenilor pe o planetă străină, în principal aer respirabil, apă şi mâncare. Deşi oamenii care populează această colonie au tehnologia şi ştiinţa necesare pentru dezvoltarea lor viitoare, supravieţuirea de bază este principala lor grijă. Singura lor activitate este cercetarea unui sit de excavaţie din apropiere, care dovedeşte existenţa unei civilizaţii extraterestre inteligente şi foarte dezvoltate.

  Jucătorul va intra în acţiune când cercetările vor afecta drastic locuitorii planetei Marte. Inamici noi şi neaşteptaţi vor apărea sub forma unor roboţi, construiţi cu secole în urmă de către extratereştrii necunoscuţi pentru propria protecţie, iar scopul lor este să elimine orice urmă de alte civilizaţii de pe Marte.

Oamenii de pe Marte au acum un nou motiv pentru propria lor dezvoltare, chiar dacă faptul că nu cunosc încă sistemul de auto-apărare al planetei ar putea să nu fie cel mai rău lucru care îi aşteaptă, şi deschiderea neintenţionată a porţilor hiper-spaţiului le va aduce un duşman şi mai mare chiar la uşă. După ce au eşuat toate încercăriel de a contacta Earth Laputa, coloniştilor nu le rămâne o altă soluţie decăt să lupte împotriva duşmanilor cu propriile lor mijloace, altfel vor fi anihilaţi.

• combinarea strategiilor globale cu misiunile tactice
• un nou joc strategic cu managementul resurselor şi posibilitatea de formare a pământului în ultimele stadii ale jocului
• tactică de împărţire a jocului avansată cu posibilitatea de a introduce clădiri, diferite vârfuri, medii destructibile, termo-viziuni şi multe altele
• elemente RPG mai puternice, toţi subiecţii tăi sunt cunoscuţi după nume, sistem de antremanet complex, echipament special şi multe altele
•   o poveste cu totul nouă bazată pe evenimentele din UFO: Aftershock
• un număr mai mare de tehnologii, arme şi echipamente de dezvoltat
• medii înconjurătoare complet noi pe o planetă diferită de Pământ
• mai multe opţiuni tactice complexe care afectează povestea
• extratereştri, avioane fără pilot şi roboţi în echipa ta
• inamici noi şi noi întreceri extraterestre cu diferite arme şi tactici de luptă